گرچه MRI برای اغلب افراد قابل انجام است، این شیوه برای هر کسی توصیه نمی‌شود.
در این افراد ممکن است MRI توصیه نشود:
• هر فردی که قطعه‌ای فلزی درون بدنش دارد، از جمله صفحه فلزی، سوزن یا مغناطیس.
• افراد دارای ضربان‌ساز مصنوعی.
• زنان باردار چرا که بی‌خطر بودن MRI برای جنین هنوز ثابت نشده است.
• افراد دچار هراس از فضاهای بسته (کلاستروفوبی).